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Les fonds des archives de l'abbaye de Saint-Gall sont divisés en quatre départements différents : les documents, les actes, les livres et les cartes et plans. Les archives contiennent plus de 20000 documents, d'innombrables dossiers, 2500 manuscrits, des ouvrages imprimés ainsi que des cartes et des plans. Les archives des fiefs, qui contiennent environ 500 volumes, constituent également une base importante pour la recherche généalogique et l'étude des noms de lieux et de champs.
Le deuxième grand fonds géré par les archives de l'abbaye est celui de l'abbaye de Pfäfers (archives et bibliothèque), fondée vers 750 et dissoute en 1838. De la bibliothèque, qui a été décimée par un incendie au XVIIe siècle, 26 manuscrits, dont certains datent du haut Moyen Âge, sont encore conservés aujourd'hui. Les archives, quant à elles, comprennent le célèbre "Liber Viventium" (Livre de la vie) et le défunt "Liber Aureus" (Livre d'or) ottoman. Outre les textes des Évangiles, elles contiennent également une multitude de témoignages historiques, notamment des documents juridiques, sur l'histoire du monastère de Pfäfers.
En outre, les archives de l'abbaye de Saint-Gall gèrent d'autres fonds et dépôts. Il s'agit notamment des archives du couvent bénédictin de Sainte-Wiborade à Saint-Georges, des archives familiales de Thurn-Valsassina ainsi que des documents conservés du couvent des dames nobles de Schänis. En tant que dépôt de l'Administration catholique, les archives de l'abbaye contiennent également le fonds manuscrit du dernier abbé de Saint-Gall, Pankraz Vorster (1796-1805), avec son journal et une vaste collection de lettres et de dossiers. D'autres fonds manuscrit sont ceux des archivistes de l'abbaye des XIXe et XXe siècles. En outre, ils existent des collections spéciales telles que celle du généalogiste Paul Zuber, Wil ou les extraits scientifiques de Hans Bösch, Schaffhouse.